活力ある地域社会を創出するために水俣市との連携協力をさらに促進し、水俣市のまちづくり、医療福祉、教育等の長期的な振興・発展に相互に協力し、水俣市における未来志向のまちづくりに寄与することを目的に締結されたものです。

水俣市と水俣高校及び国立水俣病総合研究センターの人的及び物的資源の活用を促進し、国（国立水俣病総合研究センター）、県（熊本県立水俣高等学校）、市（水俣市）の緊密な連携の下、水俣地域の知識、知恵及び教訓並びに連携から得られる新たな「知」を学び、持続可能な発展のために行動を起こすことにより、世界に通用する、「もやい」を担う次世代の人材育成を図るという目的を推進するために締結されたものです。

国立水俣病総合研究センターが水銀に関する国内外の研究ネットワークにおける拠点機関としての機能を果たすためには、外部機関との連携を強化し、開かれた研究機関として活動しなければなりません。そのため、鹿児島大学、熊本大学、熊本県立大学、久留米大学、慶應義塾大学と連携大学院協定を締結しています。