水俣湾及びエコパーク水俣親水護岸において、海水中の水銀濃度を分析する水質モニタリングを実施しています。季節を変えて年間数回、水俣湾及びエコパーク水俣親水護岸の一定の地点で海水を採取し、溶存態総水銀、メチル水銀濃度を分析しています。
現在、水俣湾では過去10年間の平均と比べ大きな変動はなく安定しており、環境基準値（溶存態総水銀濃度500ng/L）と比較しても相当低い溶存態総水銀濃度（0.49 ± 0.37ng/L）となっています。