施設内のご案内
事務室
水俣病情報センター職員が業務を行っています。見学に当たりお手伝いが必要な場合や、ご不明な事がございましたら、遠慮なくお申し付けください。また、毛髪水銀値測定のための毛髪採取をご希望の方は事務室までお声かけください。事務室横には各種パンフレットを自由にお取りいただけるパンフレットコーナーを設けています。
小会議室
会議室の他にもAED（自動体外式除細動器）や簡易ベッドを備え付けています。当センター内でご気分が悪くなられた場合、簡易ベッドをお貸しすることもできますので、遠慮なくお申し付けください。
小展示室
不定期で企画展などを実施しています。
バーズビュー・スペース
現在の水俣市の姿を紹介する3編からなる映像（「水俣空中飛行（空から見た水俣）」、「水俣の四季（地上から見た水俣）」、「水俣海中散歩（水俣の海）」）を上映しています。また、足元には八代海沿岸地域の衛星写真があり、水俣病が発生した地域の地形的な特徴をご覧いただくことができます。
2階常設展示
水俣病に加え、自然界にある水銀の種類・性質や水銀の動き（循環）など、水俣病の原因物質である水銀について学ぶことができます。また、水俣湾の海水及び大気中水銀濃度測定の結果を随時更新して展示しています。その他、国立水俣病総合研究センターの研究成果や世界の水銀汚染問題に関する国際協力活動、水銀に関する水俣条約についても紹介しています。
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動画コーナー
水銀や水俣病に関するビデオを放映しています。
講堂
水俣病や水銀研究に関する行事・会議などに使用する施設です。
資料室（第1・第2）
水俣病に関する資料や書籍などを収集・保管しており、閲覧ができます。第1資料室では主に書籍を保管しており、一般の方も職員と同伴の上で入室、閲覧ができます。入室、閲覧をご希望の方は、1階事務室の職員までお申し付けください。第2資料室では主に水俣病に関する歴史的な資料などを保管しており、一般の方の入室はできません。（事前に申請することで公開可能な資料の閲覧ができます。）また、当センターは内閣総理大臣より歴史資料等保有施設（国内11施設の1つ）として平成23年（2011）4月に指定を受けました。
屋上
屋上へは階段もしくはエレベータで上がることができ、屋上からは海と山の両方の景色を楽しむことができます。
海側には、水俣湾、エコパーク水俣、八代海が⼀望でき、八代海を挟んだ対岸には獅子島や御所浦島といった天草諸島を望むことができます。
山側には、エコパーク水俣、水俣市内の町並み、山々を⼀望できます。
ここから⼀望できるエコパーク水俣は埋立地であり、水俣湾の底に蓄積した水銀を含むヘドロを封じ込めるために造成され、現在は公園として多くの利用者が訪れています。この他、屋上には、国立水俣病総合研究センターの研究として、大気・雨水中の水銀観測を行うための研究機器が設置されています。また、エコパーク水俣の成り立ちや、大気・雨水中の水銀観測を行うための研究機器の解説パネルを設置しています。
八代海、天草諸島方面
エコパーク水俣、水俣湾方面
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太陽光発電パネル
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大気・雨水のモニタリング関連機器
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大気・雨水のモニタリング関連機器
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エコパーク水俣の成り立ち解説パネル
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大気・雨水中水銀観測機器解説パネル