1.管理研究棟
水銀に関する基盤的な研究を実施するための研究室を中心に構成されている施設。

2.リハビリ棟
水俣病患者の健康増進に資するためのリハビリテーション施設。

3.臨床棟
総務部門の各居室及び一部の研究室から構成される施設。

4.リサーチ・リソース・バンク棟
水俣病に関する過去のメチル水銀中毒実験や熊本県及び新潟県の剖検試料を保存するための施設。

5.動物実験棟
マウス、ラット等の動物実験を行うための施設。
SPF動物実験棟、中大動物実験棟及び小動物実験棟の三棟で構成されている。

6.ラジオアイソトープ実験棟
放射性同位元素（RI）を用いた研究を行うための施設。

7.特殊廃液処理棟
水銀を始めとする有害重金属を含む、研究センターにおける実験廃液の無害化処理をするための施設。

8.国際研究協力棟
水銀汚染に関する国際的な調査・研究を図ることを目的とし、海外からの研究者に研究・宿泊場所等を提供するための施設。

9.共同研究実習棟
環境中における水銀の動態（特に水と土壌、大気中における水銀）に関する研究を行うための施設。
国内研究者専用の宿泊設備（合計8室）を併設している。